Większość uczniów kształcących się na poziomie podstawowym, średnim I stopnia i średnim II stopnia uczęszcza do szkół publicznych (99,4%), które są zakładane i w całości finansowane przez państwo oraz samorządy lokalne. Szkoły prywatne, które są zakładane przez organizacje niepubliczne i realizują programy zatwierdzane przez państwo, są dotowane przez państwo (od 85% do 100%). W roku szkolnym 2002/2003 istniało 811 publicznych szkół powszechnych (poziomi podstawowy i średni I stopnia) i 1 prywatna szkoła powszechna (Waldorf) oraz 138 publicznych i 5 prywatnych szkół średnich II stopnia dla młodzieży.
Zadania administracyjne są rozdzielone między władze krajowe, władze lokalne i szkoły. Istniejące wcześniej Ministerstwo Edukacji, Nauki i Sportu zostało podzielone (na początku 2005 r.) na dwa nowe ministerstwa: Ministerstwo Edukacji i Sportu oraz Ministerstwo Szkolnictwa Wyższego, Nauki i Techniki. Ministerstwo Edukacji i Sportu odpowiada za opracowywanie polityki oświatowej, procedury inspekcji, rozdział funduszy oraz wdrażanie przepisów i decyzji administracyjnych dotyczących placówek przedszkolnych, szkół podstawowych i średnich. Władze lokalne (obcinski sveti) odpowiadają za administrowanie placówkami przedszkolnymi i szkołami powszechnymi. Rady szkolne (sveti sol) odgrywają istotną rolę w procesie decentralizacji administracji. Prowadzenie inspekcji w oświacie należy do zadań Krajowego Inspektoratu ds. Edukacji i Sportu (Inspektorat Republike Slovenije za solstvo in sport), który podlega Ministerstwu Edukacji i Sportu. Za szkolnictwo wyższe odpowiada Ministerstwo Szkolnictwa Wyższego, Nauki i Techniki.