System szkolnictwa wyższego obejmuje uczelnie i inne placówki, które prowadzą studia przygotowujące do podjęcia pracy w określonym zawodzie.
Do
uczelni zalicza się: Universitaten
(uniwersytety) i równorzędne uczelnie (Technische Hochschulen/Universitaten, Padagogische
Hochschulen, Theologische Hochschulen), Kunsthochschulen
(uczelnie artystyczne), Musikhochschulen
(uczelnie muzyczne) i Fachhochschulen
(uczelnie
prowadzące studia w dziedzinie nauk stosowanych).
Szczególną rolę pełni 29 Verwaltungsfachhochschulen tj. uczelni prowadzących studia w dziedzinie administracji publicznej, które szkolą przyszłych urzędników tzw. wyższego szczebla służby cywilnej. Utrzymywane są ze środków Federacji lub danego landu. Ich studenci posiadają tymczasowy status pracownika służby cywilnej.
Do szkolnictwa wyższego należą również Berufsakademie, funkcjonujące w niektórych Landach, które łączą kształcenie akademickie w Studienakademie z praktycznym kształceniem zawodowym w zakładzie pracy, zgodnie z zasadą systemu dualnego. Zgodnie z Międzynarodową Standardową Klasyfikacją Kształcenia (ISCED), Fachschulen, Fachakademien w Bayern oraz dwu i trzyletnie szkoły zdrowia publicznego (Schulen des Gesundheitswesens) są również klasyfikowane jako instytucje kształcące na poziomie szkolnictwa wyższego. Fachschulen, umożliwiające kontynuację kształcenia zawodowego, przyjmują kandydatów, którzy ukończyli okres kształcenia formalnego w danym zawodzie, a następnie podjęli pracę. Szkoły prowadzące kształcenie w zakresie zdrowia publicznego przygotowują do pracy w sektorze służby zdrowia, szkoląc np. pielęgniarki czy fizjoterapeutów. Wiele takich placówek jest logistycznie i organizacyjnie związanych ze szpitalami, w których odbywają się zajęcia zarówno praktyczne jak i teoretyczne.
Zeugnis der Allgemeinen Hochschulreife uprawnia posiadacza do podjęcia studiów na wszystkich kierunkach we wszystkich uczelniach. Zuegnis der Fachgebundenen Hochschulreife uprawnia do podjęcia studiów na określonych kierunkach na uniwersytecie lub równorzędnej uczelni. Warunkiem przyjęcia na studia w kolegiach sztuk pięknych i kolegiach muzycznych jest na ogół posiadanie Zeugnis der Allgemeinen Hochschulreife i dokumentów potwierdzających zdolności artystyczne. Warunkiem wstępnym przyjęcia do Fachhochschule lub Berufsakademie jest posiadanie Fachhochschulreife lub Allgemeine/Fachgebundene Hochschulreife. Zazwyczaj wszyscy kandydaci, którzy spełniają wymogi wstępne, zostają zapisani na wybrane studia i nie stosuje się żadnych specjalnych procedur selekcji, jednak w niektórych przypadkach uniwersytety i Fachhochschulen wprowadzają pewne zasady rekrutacji w celu określenia predyspozycje kandydata w obszarze wybranego kierunku.
Ponadto, we wszystkich landach istnieją rozwiązania umożliwiające uzyskanie wstępu na wyższe uczelnie absolwentom szkół zawodowych, którzy takich uprawnień formalnie nie posiadają. W marcu 2009, uzgodniono standardy wymagań według których mistrzowie rzemieślnicy, technicy i osoby posiadające kwalifikacje zawodowe w ramach zawodów związanych z handlem i finansami lub innych mają wstęp na wyższe uczelnie po ukończeniu szkolenia zawodowego i pod warunkiem posiadania trzyletniego doświadczenia zawodowego.
Jeżeli na niektórych kierunkach liczba kandydatów przekracza liczbę dostępnych miejsc, miejsca przydziela się na podstawie selekcji, którą przeprowadza się na szczeblu krajowym/regionalnym lub w danej uczelni. Głównymi kryteriami na poziomie krajowym (zwłaszcza w przypadku medycyny) są: średnia ocen uzyskanych przez kandydata na egzaminie Abitur, którego zdanie kwalifikuje do podjęcia studiów (20%), okres czasu pomiędzy zdaniem egzaminu Abitur i złożeniem podania o przyjęcie na studia (20%) oraz wynik procedury selekcyjnej obowiązującej na konkretnej uczelni (60%). Na poziomie regionalnym mogą obowiązywać inne zasady rekrutacji. I tak, panuje tendencja do zwiększania liczby lokalnych ograniczeń dotyczących przyjęć do niektórych szkół wyższych na kierunki, których nie obejmują ogólnokrajowe procedury selekcyjne. W takich przypadkach, za wybór kandydatów odpowiadają jedynie poszczególne placówki.
Kryteriami przyjęć do szkół kształcących w zakresie zdrowia publicznego są: świadectwo ukończenia szkoły oraz osiągnięcie wymaganego wieku (zazwyczaj 17 lub 18 roku życia), a także odpowiednie doświadczenie zawodowe, lub ukończenie co najmniej 2-letniego kształcenia zawodowego.
Kwalifikacje uzyskiwane w szkolnictwie wyższym są uzależnione od czasu trwania i rodzaju studiów.
Studia na uniwersytecie lub w równorzędnej uczelni kończą się egzaminem akademickim (dawniej: dyplomowym Diplom i magisterskim Magister), egzaminem państwowym, egzaminem kościelnym (w dziedzinie teologii) lub egzaminem artystycznym. W celu dostosowania systemu szkolnictwa wyższego do struktury opartej na dwóch głównych cyklach kształcenia, nowy system kwalifikacji na kierunkach licencjackich i magisterskich został wprowadzony w roku 1998 w uniwersytetach i innych uczelniach. Osiągnięto w tym zakresie znaczny postęp w ostatnich latach. Liczba studentów wzrosła z 65 000 w 2003r do blisko 103 000 w r 2008. Procent kierunków studiów oferowanych jako studia dwustopniowe (licencjat + magister) w uczelniach w Niemczech wzrósł z 79% w semestrze zimowym 2009/10 do 82% w semestrze zimowym 2010/11.
Studia w Fachhochschulen również prowadzą do tytułów licencjata/inżyniera i magistra. Studenci, którzy zdali egzamin w Berufsakademien, mogą otrzymać tytuł zawodowy licencjata/inżyniera . Tytuł zawodowy licencjata/inżyniera otrzymany w Berufsakademien nie jest tytułem akademickim, stanowi jedynie potwierdzenie kwalifikacji do wykonywania danego zawodu.
Uprawnienia do nadawania stopnia naukowego doktora mają Universitaten (uniwersytety) i równorzędne uczelnie. Absolwenci Fachhochschule, posiadający tytuł zawodowy magistra lub Diplom (FH), mogą zostać przyjęci na studia doktoranckie na uniwersytecie, po spełnieniu określonych dodatkowych wymogów.
Dwu lub trzyletnie programy prowadzone w szkołach kształcących w zakresie zdrowia publicznego umożliwiają otrzymanie kwalifikacji w zawodach umożliwiających podjęcie pracy w sektorze służby zdrowia.