Głównym źródłem finansowania pomocy materialnej dla studentów jest budżet państwa. Uczelnie otrzymują na ten cel dotację podmiotową (odrębnie na każdy rok kalendarzowy), której podziału dokonuje rektor w porozumieniu z uczelnianym organem samorządu studenckiego, przy czym - zgodnie z art. 174 ust. 4 ustawy Prawo o szkolnictwie wyższym - środki z dotacji na pomoc materialną dla studentów i doktorantów przeznaczone na stypendia i inne świadczenia socjalne (stypendia: socjalne, na wyżywienie i mieszkaniowe oraz zapomogi) nie mogą być niższe niż środki przeznaczone na stypendia za wyniki w nauce lub sporcie.
Dotacja ta zasila fundusz pomocy materialnej dla studentów i doktorantów, tworzony w uczelni na podstawie art. 103 ustawy Prawo o szkolnictwie wyższym. Fundusz ten zasilany jest również z opłat wnoszonych przez studentów za korzystanie z domów i stołówek studenckich oraz z innych przychodów, w tym za wynajem pomieszczeń w tych obiektach.
Stypendia i zapomogi, również te przyznawane przez ministra, wypłacane są przez uczelnię.
W świetle przepisu art. 103 ust. 6 ustawy Prawo o szkolnictwie wyższym uczelnie mają możliwość pokrywania z funduszu pomocy materialnej dla studentów i doktorantów kosztów realizacji zadań związanych z przyznawaniem i wypłacaniem stypendiów i zapomóg (tzw. niezbędnych kosztów obsługi pomocy materialnej np. obsługi bankowej świadczeń, zakupu dla tych celów oprogramowania komputerowego, materiałów biurowych, czy wypłaty wynagrodzeń pracownikom uczelni wykonującym zadania związane z realizacją pomocy materialnej). Jednakże na ten cel uczelnie mogą przeznaczyć nie więcej niż 0,2 % dotacji na pomoc materialną dla studentów i doktorantów.