Istnieją dwa rodzaje uczelni: uniwersytety, prowadzące studia akademickie, i wyższe szkoły zawodowe, prowadzące studia zawodowe (rakenduskorgharidus). Studia zawodowe mogą być również prowadzone przez uniwersytety oraz placówki kształcenia zawodowego działające na podbudowie szkoły średniej (szkoły policealne).
Warunkiem ubiegania się o przyjęcie na studia jest posiadanie świadectwa ukończenia szkoły średniej uzyskane w Estonii lub równoważnego świadectwa zagranicznego. Warunki i procedury przyjęć określają poszczególne uczelnie.
Liczbę miejsc na studiach finansowanych z budżetu państwa w uczelniach państwowych, gminnych i prywatnych ustala się w wyniku uzgodnień z Ministerstwem Edukacji i Nauki. Każda uczelnia ma prawo oferować pewną liczbę dodatkowych miejsc, ale studenci przyjęci na te dodatkowe miejsca są zobowiązani do płacenia czesnego.
W roku akademickim 2002/03 Estonia przyjęła dwustopniowy system studiów (licencjackie i magisterskie). W roku akademickim 2010/11 w obydwu cyklach kształcenia studiowało 66 185 studentów, którzy stanowili 95,8% osób studiujących.
Po ukończeniu studiów uniwersyteckich, tj. bakalaureuseope (od 3 do 4 lat), magistriope (od roku do 2 lat), integreeritud bakaqlaureuse-ja magistriope (6 lat) i doktoriope (od 3 do 4 lat) absolwenci otrzymują dyplomy (diplom) potwierdzające ukończenie odpowiednich studiów lub przyznające tytuł zawodowy/stopień naukowy oraz suplement do dyplomu (akadeemiline oiend) w języku estońskim i angielskim. Absolwenci bakalaureuseope otrzymują suplement w języku angielskim jedynie na życzenie.
Absolwentom wyższych studiów zawodowych (rakenduskorgharidusope) (trwających od 3 do 4 lat) wydaje się dyplom (diplom) oraz suplement do dyplomu (akadeemiline oiend) w języku estońskim i angielskim. Studia zawodowe, w zależności od kierunku kształcenia oraz typu instytucji mogą trwać 34 lata lub na kierunku pielęgniarstwo 3,5 + 1 rok. Studenci, których językiem ojczystym jest inny język niż estoński mogą skorzystać z kursów językowych i wydłużyć czas trwania nauki o pół roku do roku.
Absolwentom wyższych studiów zawodowych (rakenduskorgharidusope) (trwających od 3 do 4,5 lat) wydaje się dyplom (diplom) oraz suplement do dyplomu (akadeemiline oiend) w języku estońskim i angielskim.
Absolwenci studiów zawodowych prowadzonych przez uniwersytety i placówki kształcenia zawodowego mogą kontynuować studia w programach magisterskich trwających 1 -2 lat. Rząd przyznaje poszczególnym instytucjom prawo do prowadzenia studiów magisterskich. Po otrzymaniu dyplomu absolwenci 3-4 letnich studiów zawodowych mogą podjąć bezpośrednio studia magisterskie na uniwersytecie. W przypadku niektórych innych instytucji (wyższe szkoły zawodowe) kandydaci na studia magisterskie muszą posiadać minimum roczne doświadczenie zawodowe.