System szkolnictwa wyższego obejmuje uczelnie akademickie i zawodowe. Uczelnie akademickie, uniwersytety i akademie, prowadzą studia akademickie na trzech poziomach: licencjackim, magisterskim i doktoranckim. Sektor uczelni zawodowych powstał w 2000 r. po uchwaleniu Ustawy o szkolnictwie wyższym. Pierwsze uczelnie zawodowe, Kolegija (4 publiczne i 3 niepubliczne), zostały utworzone na bazie istniejących wcześniej szkół zawodowych na zaawansowanym poziomie (Aukstesniosios mokyklos). W latach 2001-2002 utworzono 11 publicznych i 6 niepublicznych uczelni zawodowych, a w roku 2005/06 istniało już 16 publicznych i 12 niepublicznych uczelni zawodowych.
Wszystkie uczelnie wymagają świadectwa ukończenia szkoły średniej II stopnia (brandos atestatas). Przyjęcia na studia odbywają się na zasadach konkursowych. Kryteriami przyjęć są na ogół: pozycja w rankingu ustalana na podstawie ocen z kilku przedmiotów (zwykle maksimum czterech), oraz ocena ze szkolnych egzaminów końcowych. Na kierunkach wymagających specjalnych uzdolnień (Malarstwo, Dziennikarstwo, Architektura) lub oceny wiedzy z przedmiotów, które nie są objęte egzaminami końcowymi (na kierunku Komunikacja i Informacja), uczelnie mogą przeprowadzać egzaminy wstępne.
Uczelnie zawodowe przeprowadzają selekcję kandydatów na podstawie wyników egzaminów końcowych w szkole średniej II stopnia. Poszczególne Kolegijos mogą również wprowadzać specjalne kryteria przyjęć.
W celu sprawdzenia specjalnych uzdolnień kandydata na studia, uczelnie mogą przeprowadzać maksymalnie dwa egzaminy lub sprawdziany wstępne.
Zajęcia ze wszystkich przedmiotów w ramach studiów zawodowych kończą się egzaminem, indywidualną pracą (projektem) studenta lub zaliczeniowym sprawdzianem z wynikiem „zdany/niezdany”. Na zakończenie studiów zawodowych na wszystkich kierunkach studenci przystępują do egzaminu dyplomowego lub obrony pracy dyplomowej (projektu). W trakcie egzaminu końcowego student musi wykazać, że opanował wiedzę i umiejętności określone w programie studiów.
Na zakończenie studiów akademickich studenci otrzymują tytuł licencjata (Bakalauro laipsnis) i/lub dyplom kwalifikacji zawodowych (nauczyciela, inżyniera, artysty itp.). Absolwenci mogą następnie podjąć specjalistyczne studia zawodowe lub studia prowadzące do tytułu magistra (Magistro laipsnis), które trwają od 1,5 roku do 2 lat. Absolwenci posiadający tytuł magistra mogą rozpocząć studia III stopnia: studia doktoranckie lub studia podyplomowe w dziedzinie sztuki. Po ukończeniu studiów doktoranckich otrzymują stopień naukowy doktora, a po ukończeniu podyplomowych studiów w dziedzinie sztuki - dyplom w określonej dziedzinie.
Studia jednolite (łączące akademickie studia I i II stopnia) obejmują studia podstawowe i specjalistyczne. Warunkiem zdobycia wyższego wykształcenia jest ukończenie pełnego programu tych studiów. Studia jednolite prowadzi się na następujących kierunkach: Medycyna, Weterynaria, Stomatologia, Farmacja, Prawo (wyłącznie na Uniwersytecie Wileńskim) i Rolnictwo.